《主公争霸》的背景故事基于《三国演义》，并在此基础上做了适当的调整与扩展。

东汉末年，朝廷黑暗，皇权虚弱，太平道张角星夜举兵，声势浩大，官军望风而靡。玩家化身贤主，收复城池，招募武将，参与战役，赢得国战，只为终结乱世，成为一代王者。

初入游戏，留给玩家的是一座被黄巾军攻陷的城池，形势危急！贤明的玩家将带领将士，收复宫殿，广纳贤才，复兴生产；并在在战役中追缴黄巾流寇，击败各路诸侯，一统烽火十八州；在野外攻打叛军、攻占山寨、参与城战国战，一统三国！

游戏内的地图架构如下：

东汉末年，世界上四大帝国并立：东汉、贵霜、安息、罗马。

其中，东汉实力尤盛，分为五大区域：司隶、江汉、河北、巴蜀、江东。

河北、巴蜀、江东分别为魏国、蜀国、吴国的出生地，玩家根据自己选择的国家，在不同区域出生。

江汉、司隶、贵霜、安息、罗马为战争之地，国家间可在此发动战争。

击败第一只世界BOSS并攻占出生地的郡城后可前往江汉区域，在这里各国之间可以争夺国家城池。

击败第二只世界BOSS并攻占江汉区域州城后可前往司隶区域；司隶区域解锁后，天下大乱，司隶内城被攻占后，不同国家玩家间可发动城战，群雄逐鹿，剑指洛阳。

伴随第一轮最强王国活动结束，贵霜帝国区域将解锁，玩家可远征贵霜帝国；攻占贵霜都城并击败第三只世界BOSS后，安息帝国区域解锁，远征可进一步推进；攻占安息都城并击败最后一只世界BOSS后，罗马帝国区域解锁，一统世界，指日可待；随着罗马都城被攻陷，世界将进入赛季备战期，完成第三轮最强王国活动后，所有国家将进入赛季匹配队列，准备开启新的征程。